UEFA ಚಾಂಪಿಯನ್ಸ್ ಲೀಗ್ನಲ್ಲಿ 2007-2008ರ ಋತುವಿನಲ್ಲಿ ತರಬೇತುದಾರ ಆರ್ಥರ್ ಝಿಕೊ ಅವರ ನಿರ್ವಹಣೆಯಲ್ಲಿ ಫೆನೆರ್ಬಾಹೆ ತನ್ನ ಅತ್ಯಂತ ಯಶಸ್ವಿ ಪ್ರದರ್ಶನವನ್ನು ಸಾಧಿಸಿತು.
ಹೇಳಿದ ಋತುವಿನಲ್ಲಿ ಗುಂಪನ್ನು ತೊರೆದ ನಂತರ, ಹಳದಿ-ಕಡು ನೀಲಿ ತಂಡವು ಸ್ಪ್ಯಾನಿಷ್ ತಂಡ ಸೆವಿಲ್ಲಾವನ್ನು ಪೆನಾಲ್ಟಿ ಶೂಟೌಟ್ನಲ್ಲಿ ಸೋಲಿಸಿ ಕ್ವಾರ್ಟರ್-ಫೈನಲ್ ತಲುಪಿತು ಮತ್ತು ಈ ಸುತ್ತಿನಲ್ಲಿ ಇಂಗ್ಲಿಷ್ ತಂಡ ಚೆಲ್ಸಿಯಾವನ್ನು ಎದುರಿಸಿತು. ಫೆನೆರ್ಬಾಚೆ ತನ್ನ ಎದುರಾಳಿಯನ್ನು ತವರಿನಲ್ಲಿ 2-1 ಗೋಲುಗಳಿಂದ ಸೋಲಿಸಿದರು ಮತ್ತು ರಸ್ತೆಯಲ್ಲಿ 2-0 ಸೋಲುವ ಮೂಲಕ ಸಂಸ್ಥೆಗೆ ವಿದಾಯ ಹೇಳಿದರು.
2008-2009ರ ಋತುವಿನಲ್ಲಿ UEFA ಚಾಂಪಿಯನ್ಸ್ ಲೀಗ್ನಲ್ಲಿ ಜೊತೆಯಾದ ಆರ್ಸೆನಲ್ಗೆ ತವರಿನಲ್ಲಿ ಫೆನೆರ್ಬಾಹೆ 5-2 ಅಂತರದಲ್ಲಿ ಸೋತರು ಮತ್ತು 0-0 ಅಂತರದಲ್ಲಿ ಡ್ರಾ ಮಾಡಿಕೊಂಡರು.
2013-2014ರ ಋತುವಿನಲ್ಲಿ UEFA ಚಾಂಪಿಯನ್ಸ್ ಲೀಗ್ ಪ್ಲೇ-ಆಫ್ ಪಂದ್ಯದಲ್ಲಿ ಮತ್ತೊಮ್ಮೆ ಆರ್ಸೆನಲ್ ಅನ್ನು ಎದುರಿಸಿದ ಫೆನೆರ್ಬಾಹೆ, ಮೊದಲ ಪಂದ್ಯವನ್ನು 3-0 ರಲ್ಲಿ ತವರಿನಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ಎರಡನೇ ಪಂದ್ಯವನ್ನು 2-0 ಅಂತರದಲ್ಲಿ ಕಳೆದುಕೊಂಡರು.
ಹಳದಿ-ಕಡು ನೀಲಿ ತಂಡವು ಈ ಋತುವಿನ ಲೀಗ್ ಹಂತದಲ್ಲಿ ಕೊನೆಯದಾಗಿ ಎದುರಿಸಿದ ಆಸ್ಟನ್ ವಿಲ್ಲಾ ವಿರುದ್ಧ 6-0 ಅಂತರದಲ್ಲಿ ಸೋತಿತು.